Il sostantivo "pomodoro" ha due plurali, e sono: pomodori e pomidori.
Perché abbiamo due plurali?
Perché la parola "pomodoro" è una parola composta: pomo d'oro (nome + preposizione + nome) e fu chiamato anticamente anche pomo d'amore.
POMODORI = è la forma che comunemente viene utilizzata oggigiorno per indicare il plurale di pomodoro (2 pomodori, un chilo di pomodori ecc.). Dal momento che si tratta di un sostantivo di genere maschile terminante in "-o", il suo plurale sarà con la "-i" finale.
POMIDORI = è una forma rara ma non errata, questo perché è possibile rintracciarla nei testi dei secoli passati, ad esempio pomidoro veniva usato nel primo Novecento, mentre pomidori nella seconda metà dell’Ottocento. Abbiamo già detto che pomodoro è una parola composta e, in questo caso, il plurale è stato inserito nella prima parte della parola (pomi).
La lingua italiana ha subito continui cambiamenti nel corso degli anni e alcune parole che prima andavano bene adesso non lo sono più: il termine pomodoro non viene più considerato un nome composto ma un'unica parola e, pertanto, è corretto sempre scrivere "pomodoro", e sconsigliato scrivere "pomidori" a meno che non stiate citando una frase estrapolata da un testo antico dove a quei tempi si usava scrivere in questo modo. In tutti gli altri casi occorre sempre usare la regola più recente!